একপর্যায়ে আম্মানে হামাসের কার্যালয় বন্ধ হয়ে যায়। তখন কাতারে চলে যান খালেদ। সেখান থেকে ২০০১ সালে সিরিয়ায় চলে যান তিনি। ২০১১ সালে সিরিয়ার প্রেসিডেন্ট বাশার আল-আসাদের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ শুরু হয়। সুন্নি মুসলমানরাই এই বিদ্রোহের নেতৃত্বে ছিলেন। খালেদ বিদ্রোহীদের সমর্থন দেন। হামাস নিজেও সুন্নি মুসলমানদের একটি সংগঠন। কিন্তু কৌশলগত কারণে হামাসের সবচেয়ে বড় পৃষ্ঠপোষক ইরান, যার নেতারা সবাই শিয়া ধর্মাবলম্বী।
বিদ্রোহীদের সমর্থন দেওয়ায় পরের বছর ২০১২ সালের জানুয়ারিতে খালেদকে দামেস্ক ছাড়তে হয়। একই সঙ্গে ইরানের সঙ্গে তাঁর সম্পর্ক খারাপ হতে শুরু করে। কারণ, ইরান আসাদের পক্ষ নিয়ে সিরিয়ায় বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ করছিল। এর পর থেকে কাতারের দোহা ও মিসরের কায়রোতে ভাগাভাগি করে থাকতে শুরু করেন খালেদ।
সিরিয়ার বিদ্রোহীদের সমর্থন দেওয়ায় হামাসের সঙ্গে নিজের সম্পর্ক দুর্বল হওয়ার কথা খালেদ নিজেই রয়টার্সের কাছে স্বীকার করেছেন। কারণ, সংগঠনটি তাঁদের সশস্ত্র সংগ্রামের জন্য অর্থ ও অস্ত্রের জন্য প্রধানত ইরানের ওপর নির্ভরশীল।
গত ৭ অক্টোবর ইসরায়েলে হামাসের হামলার পর খালেদ বলেছিলেন, ফিলিস্তিনের স্বাধীনতার বিষয়টি এখন আবার বিশ্বমঞ্চের কেন্দ্রে চলে এসেছে। চলমান যুদ্ধে হামাসকে সহায়তা দিতে আরব দেশ ও বিশ্বের মুসলমানদের প্রতি আহ্বান জানিয়েছিলেন খালেদ।
