সূত্রগুলো বলছে, শমসের মুবিন চৌধুরী গ্রেপ্তার হওয়ার পরদিন তাঁকে পল্টন থানায় দায়ের করা যুবদল নেতা শামীম মোল্লা হত্যা মামলায় গ্রেপ্তার দেখানো হয়। পরে তাঁকে কারাগারে পাঠানো হয়। এরপর তাঁকে যাত্রাবাড়ী থানায় দায়ের করা পারভেজ মিয়া হত্যা মামলায় গ্রেপ্তার দেখানো হয়।
পল্টন থানায় দায়ের করা শামীম মোল্লা হত্যা মামলায় গত ১৮ অক্টোবর শমসের মুবিন চৌধুরীর জামিন আবেদন নাকচ করেন ঢাকার চিফ মেট্রোপলিটন ম্যাজিস্ট্রেট (সিএমএম) আদালত। সিএমএম আদালতের নাকচের ওই আদেশ চ্যালেঞ্জ করে তিনি ঢাকার মহানগর দায়রা জজ আদালতে জামিন আবেদন করেন। সেখানেও জামিন আবেদন নাকচ হয়। পরে তিনি হাইকোর্টে জামিন চেয়ে আদালতে আবেদন করেন। বিচারপতি আবু তাহের মো. সাইফুর রহমান ও বিচারপতি শওকত আলী চৌধুরীর সমন্বয়ে গঠিত হাইকোর্ট বেঞ্চ গত ৫ ফেব্রুয়ারি তাঁর জামিন আবেদন মঞ্জুর করেন।
